Халдварт өвчний дотрын тасаг нь бактери, вирус, мөөгөнцөр болон олон төрлийн шимэгч хорхойтой холбоотойгоор үүсдэг халдварт өвчнийг оношилж, эмчилгээ хийдэг салбар юм.
Энэхүү тасаг нь архаг хамрын хөндийн үрэвсэл, менингит, гэдэсний халдварт өвчин, холер(ус, хоолон дахь нянгаар дамжин) өвчин, бактерийн гаралтай цусан суулга, хумхаа буюу чичрэг(шумуулд хазуулж халдварладаг) өвчин, лептоспироз(хүн ба амьтны халдвар) өвчин, бөөрний хам шинжтэй цус алдах халдвар, улаан бурхан, сүрьеэ зэргийг эмчилдэг. Мөн эмнэлэг доторх халдваргүйжүүлэлт, урьдчилан сэргийлэх зорилгоор халдвар хяналтын ажлыг зохион байгуулж ажиллаж байна.
Мөн антибиотик агуулсан олон төрлийн эмийн гаж нөлөө, харилцан үйлчлэл болон хэрэглээг зохицуулах, насанд хүрэгчдийн урьдчилан сэргийлэх дархлаажуулалт, аяллын үед хэрэгжүүлэх урьдчилан сэргийлэх(бактерийн гаралтай цусан суулга, шар чичрэг өвчин гэх мэт)-тэй холбоотой зөвлөгөө болон эмчилгээг хариуцдаг.